Pee-Wee Herman vit dans une ferme entouré de ses animaux où il mène des recherches sur ses légumes avec l'aide de son cochon, Vance. Chaque jour il déjeune avec sa fiancée Winnie, une institutrice. Un jour, une tornade s'abat sur la ville et il se met à l'abri dans sa cave. Mais lorsqu'il en sort, il découvre qu'un cirque s'est réfugié chez lui. Il décide alors de les aider.
