Plusieurs mois après les évènements de la première saison, Tony Soprano assume le contrôle de la Famille DiMeo. Aussi soudainement qu'il est parti, Big Pussy Bonpensiero revient. Junior Soprano est en prison et Livia Soprano est hospitalisée à la suite de son attaque. Le docteur Melfi a fui à la demande de Tony. La sœur de Tony, Janice Baccalieri, s'installe chez Tony.
